Ανάλογα με τη σοβαρότητα των συμπτωμάτων, τον βαθμό παθολογίας και τα αποτελέσματα των εξετάσεων, ο γιατρός συνταγογραφεί αποτελεσματικά φάρμακα για την προστατίτιδα. Αντιβακτηριακούς παράγοντες, αναισθητικά, άλφα αποκλειστές, μυοχαλαρωτικά, αγγειοπροστατευτικά, φυτικά φάρμακα και βιταμίνες για την προστατίτιδα.